O Ensino Fundamental II corresponde à segunda etapa deste segmento do 6º ao 9º ano e funciona também no regime de horário integral, das 7h30min às 16h20min. Durante esse tempo de permanência diária no Colégio, o aluno realiza todas as suas atividades escolares e aprofunda seus conhecimentos, sempre acompanhado de professores envolvido num ambiente de estudo e aprendizagem.

Os componentes da matriz curricular são: Ensino Religioso, Língua Portuguesa, Língua Inglesa, Língua Francesa, Língua Espanhola, Educação Artística, Cultura Clássica, História, Geografia, Ciências, Matemática e Educação Física. Outras atividades enriquecem e complementam a formação do aluno e o trabalho realizado em sala de aula, como Olimpíada Esportiva, Olimpíada de Matemática, participação em concursos externos de redação, uso das tecnologias digitais, Dia de Convivência, Visitas Pastorais, Aulas de Campo. Os alunos do EFII podem se submeter às avaliações externas das línguas estrangeiras, como: DELF, de Língua Francesa; KET e PET de Língua Inglesa; e DELE, de Língua Espanhola. Estes exames certificam o aluno aprovado com reconhecimento em qualquer instituição nacional e internacional.